主题：?管新?过程中表观遗传学变化
报告人：张冰研究员
邀请人：肖俊杰副教授
时间：2016年4月11日下午4点
地点：校本部东区生命科学学院702会议室
报告人简介：
张冰博士2006年毕业于山东大学获博士学位，2006至2010年在佐治亚大学生化与分子生物学系从事博士后研究。2010至2011年在哈佛大学波士顿儿童医院从事博士后研究，2011至2015年在哈佛大学波士顿儿童医院担任讲师。2015年加入上海交通大学系统生物学研究院，担任研究员、研究组长。2016年获聘中组部青年千人。
报告简介：
?管新?是?管发育的关键组成部分，对其他组织的形成也具有?关重要的作?，并与许多?发性疾病：肿瘤，?梗和糖尿病等密切相关。以往?管再?研究主要集中在细胞膜外分?，?细胞核内表观遗传学和转录学机制还不清楚。在该项研究中，我们以?管内??长激素（VEGF）刺激?管内?HUVEC 细胞来体外模拟?管新?。采?第?代测序技术（RNA-seq, ChiP-seq )的?法对VEGF 刺激前后?管中mRNA（RNA-seq) 和MiRNA（Nano-String)表达、组蛋?修饰、转录因?与DNA 结合、DNA 超敏位点(DHS)等进?检测。通过系统?物学和?物信息学对已产?的全基因组数据进?整合，并?较VEGF 处理前后各信号变化，来捕捉和阐释?管再?过程中表观遗传和转录信号变化以及互作机制。我们现已完成HUVEC 细胞中多个核?体表观遗传修饰（H3K27ac,H3K27me3, H3K36me3, H3K9me3, H3K4me1, H3K4me2, H3K4me3)的测定。采?chromHMM 数学模型整合，初步将?管内?的功能区域分为30 个染?体状态。这些染?体状态涵盖所有已报道的39 个内?特异性增强?和启动?，如：位于Tie2 基因第?个内含?中的增强?以及ROBO4 的启动?等。?这些功能性染?体状态与?脏特异的活性区域交叉较少，表明HUVEC 细胞中染?体状态具有明显的内?特异性。另外我们发现H3K27ac 和H3K27me3 在VEGF 刺激后在全基因组的信号发?了显著变化。这些动态H3K27ac 位点可以特异性标记VEGF 信号响应增强?，通过改变增强?与启动?之间的染?体构象，参与调控VEGF 下游基因的激活。VEGF 改变H3K27 ?酰化主要是通过p300 的催化作?，采? p300 ?分?抑制剂（C646）可以有效抑制H3K27ac 的动态变化和VEGF 下游基因的激活。通过进?步对VEGF 刺激前后HUVEC 的染?体状态进?叠加，我们还发现了?个新的染?体状态，特异性识别转录因?结合的增强?，并在VEGF 刺激前后变化显著。总之，我们该项研究提供了迄今为?最为全?详实的?管内?染?体表观遗传学图谱，发现了多个?管新?和信号转导特异的染?体特征，并对?管内?以及新?特异的活性区域进?了详尽的注释，为阐释?管发育过程中重要表观遗传机制奠定了基础。